Trong năm 2020, dịch bệnh Covid-19 diễn biến phức tạp, Trung tâm kiểm soát bệnh tật tỉnh Thừa Thiên Huế đã phối hợp với  Đại diện Cảng vụ tiến hành triển khai đo thân nhiệt, khai báo y tế, khám sàng lọc các trường hợp nghi ngờ bệnh về đường hô hấp cấp tại ga đi, ga đến của Cảng Hàng không Quốc tế Phú Bài và kịp thời vận chuyển các bệnh nhân nghi ngờ bằng xe chuyên dụng để cách ly đảm bảo công tác phòng, chống lây lan dịch bệnh tại Cảng Hàng không Quốc tế Phú Bài đảm bảo theo đúng các quy định của Bộ Y tế và Bộ GTVT.

Do ảnh hưởng của đại dịch Covid-19, các sự kiện kinh tế, văn hóa, xã hội bị tạm dừng, sản lượng vận chuyển hành khách, hành lý, hàng hóa của ngành hàng không dân dụng giảm sâu so với năm 2019.Thống kê trong năm 2020, tổng số lượt chuyến bay thông qua CHKQT Phú Bài là 8 851 lượt, 1 317 263 lượt hành khách. Dịch vụ hàng không và thủ tục vận chuyển hành khách, hành lý, hàng hóa được các bên liên quan phối hợp thực hiện tốt.

Công tác phối hợp triển khai phục vụ khi có chuyến bay quốc tế giữa Đại diện Cảng vụ, Cảng HKQT Phú Bài với Phòng Quản lý Xuất nhập cảnh - Công an tỉnh Thừa Thiên Huế, Chi cục Hải quan Thủy An và Trung tâm Kiểm soát Bệnh tật tỉnh Thừa Thiên Huế được thực hiện một cách nhịp nhàng, hiệu quả, đội ngũ cán bộ và các trang thiết bị luôn sẵn sàng thực hiện nhiệm vụ.

          Cũng trong năm 2020, Cảng HKQT Phú Bài đã tổ chức lễ khởi công và tiến hành giai đoạn I của dự án mỡ rộng sân đỗ máy bay, góp phần mỡ rộng quy mô và nâng cao chất lượng phục vụ trong tương lai.